據不完全統計，我國現行食用菌國家食品安全標準1項、國家標準39項、行業標準110多項，地方標準200多項。涉及基本術語、菌種、生產規范、產品、生產加工技術規范、出口產品要求、綠色（無公害、有機）產品、地理標志產品、檢測技術方法等方面。與當前已經形成一定產量的30多個食用菌主要品種、工廠化與裝備設施快速進步以及流通形態多樣化相比，現有的標準體系及應用情況已經捉襟見肘，現有體系迫切需要抓緊翻新補漏，標準空白的環節尤其需要立標立桿，以保證產業發展實現“正步走”。
在藥用范圍，《中國藥典》（2015版）記載的有中藥（藥材、成藥）、化藥、生物制品、重組制品、藥用輔料等。我國正式列入藥用的真菌約有50多種，常用的有30多種，被明確納入藥典的食用菌類有六種，分別為靈芝、云芝、茯苓、豬苓、雷丸和冬蟲夏草，分別有相應的標準。
可用于保健食品“真菌菌種”，在《可用于保健食品的真菌菌種名單》共列入11種：釀酒酵母、 產朊假絲酵母、 乳酸克魯維酵母、卡氏酵母、 蝙蝠蛾擬青霉、蝙蝠蛾被毛孢、靈芝、 紫芝、松杉靈芝、紅曲霉、 紫紅曲霉。
2008年以來，原衛生部和國家衛生計生委公告批準的新食品原料（新資源食品）名單，涉及食用菌的新食品原料有3種，蛹蟲草、廣東蟲草子實體、茶藨子葉狀層菌發酵菌絲體。
衛計委公告明確不是普通食品的名單：西洋參、魚肝油、靈芝（赤芝）、紫芝、冬蟲夏草、蓮子芯、薰衣草、大豆異黃酮、靈芝孢子粉、鹿角、龜甲 。
在《按照傳統既是食品又是中藥材物質目錄》中收入共有86種，其中有茯苓。
與此相對應，我國已報道的食藥用真菌近1000種，共有450余種藥用真菌具有藥效，具有抗癌的達184種。我國約有18萬種菌物資源，但僅對約8%的資源有初步認識，對90%以上的資源仍一無所知。
其實，食用菌與藥的距離還相當遠?！吨腥A人民共和國藥品管理法》（1984年9月20日第六屆全國人民代表大會常務委員會第七次會議通過，之后于 2001年修訂， 2013年和2015年兩次修正）規定：藥品，是指用于預防、治療、診斷人的疾病，有目的地調節人的生理機能并規定有適應癥或者功能主治、用法和用量的物質，包括中藥材、中藥飲片、中成藥、化學原料藥及其制劑、抗生素、生化藥品、放射性藥品、血清、疫苗、血液制品和診斷藥品等。輔料，是指生產藥品和調配處方時所用的賦形劑和附加劑。藥品生產企業，是指生產藥品的專營企業或者兼營企業。藥品經營企業，是指經營藥品的專營企業或者兼營企業。
在《歷代本草文獻所載具有保健作用的食物名單》中，食用菌也可偶見：
聰耳（增強或改善聽力）類食物：蓮子等。
明目（增強或改善視力）類食物：山藥等。
生發（促進頭發生長）類食物：白芝麻等。
潤發（使頭發滋潤、光澤）類食物：鮑魚。
烏須發（使須發變黑）類食物：黑芝麻、核桃仁、大麥。
長胡須（有益于不生胡須的男性）類食物：鱉肉。
美容顏（使肌膚紅潤、光澤）類食物：枸杞子等。
健齒（使牙齒堅固、潔白）類食物：花椒、蒲菜、萵筍。
輕身（消肥胖）類食物：菱角等。
肥人（改善瘦人體質，強身壯體）類食物：小麥等。
增智（益智、健腦等）類食物：粳米、蕎麥、核桃、葡萄、菠蘿、荔枝、龍眼、大棗、百合、山藥、茶、黑芝麻、黑木耳、烏賊魚。
益志（增強志氣）類食物：百合、山藥。
安神（使精神安靜、利睡眠等）類食物：蓮子等。
增神（增強精神，減少疲倦）類食物：茶、蕎麥、核桃。
增力（健力，善走等）類食物：蕎麥、大麥、桑葚、榛子。
強筋骨（強健體質，包括筋骨、肌肉以及體力）類食物：栗子、酸棗、黃鱔、食鹽。
耐饑（使人耐受饑餓，推遲進食時間）類食物：蕎麥、松子、菱角、香菇、葡萄。
能食（增強食欲、消化等能力）類食物：蔥等。
壯腎陽（調整性功能，治療陽痿、早泄等）類食物：核桃仁等。
種子（增強助孕能力，也稱續嗣，包括安胎作用）類食物：檸檬等。
在歷代本草文獻所載具有治療作用的食物中，也可見到食用菌：
散風寒類（用于風寒感冒病癥）食物：生姜、蔥、芥菜、芫荽。
散風熱類（用于風熱感冒病癥）食物：茶葉、豆豉、楊桃。
清熱瀉火類（用于內火病癥）食物：茭白、蕨菜、苦菜、苦瓜、松花蛋、百合、西瓜。
清熱生津類（用于燥熱傷津病癥）食物：甘蔗、番茄、柑、檸檬、蘋果、甜瓜、甜橙、荸薺。
清熱燥濕類（用于濕熱病癥）食物：香椿、蕎麥。
清熱涼血類（用于血熱病癥）食物：藕、茄子、黑木耳、蕹菜、向日葵子、食鹽、芹菜、絲瓜。
清熱解毒類（用于熱毒病癥）食物：綠豆等。
清熱利咽類（用于內熱咽喉腫痛病癥）食物：橄欖等。
清熱解暑類（用于暑熱病癥）食物：西瓜等。
清化熱痰類（用于熱痰病癥）食物：白蘿卜等。
溫化寒痰類（用于寒痰病癥）食物：洋蔥等。
止咳平喘類（用于咳嗽喘息病癥）食物：百合等。
健脾和胃類（用于脾胃不和病癥）食物：南瓜等。
健脾化濕類（用于濕阻脾胃病癥）食物：薏苡仁、蠶豆、香椿、大頭菜。
驅蟲類（用于蟲積病癥）食物：榧子等。
消導類（用于食積病癥）食物：蘿卜等。
溫里類（用于里寒病癥）食物：辣椒等。
祛風濕類（用于風濕病癥）食物：櫻桃等。
利尿類（用于小便不利、水腫病癥）食物：玉米等。
通便類（用于便秘病癥）食物：菠菜等。
安神類（用于神經衰弱、失眠病癥）食物：蓮子、百合、龍眼肉、酸棗仁、小麥、秫米、蘑菇、豬心、石首魚。
行氣類（用于氣滯病癥）食物：香櫞等。
活血類（用于血淤病癥）食物：桃仁等。
止血類（用于出血病癥）食物：黃花菜、栗子、茄子、黑木耳、刺菜、烏梅、香蕉、萵苣、枇杷、藕節、槐花、豬腸。
收澀類（用于滑脫不固病癥）食物：石榴等。
平肝類（用于肝陽上亢病癥）食物：芹菜、番茄、綠茶。
補氣類（用于氣虛病癥）食物：粳米、糯米、小米、黃米、大麥、山藥、莜麥、秈米、馬鈴薯、大棗、胡蘿卜、香菇、豆腐、雞肉、鵝肉、鵪鶉、牛肉、兔肉、狗肉、青魚、鰱魚。
補血類（用于血虛病癥）食物：桑葚、荔枝、松子、黑木耳、菠菜、胡蘿卜、豬肉、羊肉、牛肝、羊肝、甲魚、海參、草魚。
助陽類（用于陽虛病癥）食物：枸杞菜等。
滋陰類（用于陰虛病癥）食物：銀耳、黑木耳、大白菜、梨、葡萄、桑葚、牛奶、雞蛋黃、甲魚、烏賊魚、豬皮。
